Muito embora possamos seguir a estrutura lógica do método científico (epistemologicamente), relativamente a questões onde o objecto formal é Deus, esta última não é uma questão científico-natural porque Deus é distinto do mundo natural, logo, a priori parece difícil que haja uma prova científica perante a incapacidade de formular o problema cientificamente.

Aliás, se Deus fosse considerado uma hipótese formulada no quadro do mundo natural implicaria considerá-lo como um ser entre outros seres, uma causa entre outras causas, logo, não seria Deus. Por definição, Deus transcende o mundo natural, embora esteja nele presente (imanente) e por isso falamos de Deus transcendente e imanente relativamente ao mundo natural. De facto, relativamente ao mundo natural, Deus não é uma questão, mas uma resposta.

Por outro lado, se Deus é a realidade que tudo determina, para haver uma prova científica da Sua existência, tanto o método como o acto de observação teriam de ser maiores que o objecto formal de estudo, logo, o método e acto de observar teriam de ser realidades maiores que Aquela que tudo determina e, consequentemente, essa deixaria de ser a realidade que tudo determina, resultanto numa inconsistência. Assim, por absurdo, a pergunta não tem qualquer sentido.